Este rápido crecimiento pero, está también ligado a consecuencias negativas como: un sistema y densidades de cría inadecuados para los animales, un excesivo uso de químicos y antibióticos, deforestación de los manglares a causa de la instalación de estanques para la cría de gambas y la sobrefertilización de las aguas a través de las aguas residuales de las piscifactorías, son algunas de ellas.

A mediados de los años 90, Naturland empezó a desarrollar normas para la acuicultura orgánica.  Actualmente, acuicultores en más de veinte países producen según esas normas, por ejemplo: truchas orgánicas en Alemania, Francia y España, salmón orgánico en Irlanda, camarón orgánico en Ecuador, Perú, Brasil, Vietnam, Tailandia e Indonesia, tilapia orgánica en Israel, Ecuador y Honduras, bagre (Pangasius) orgánico en Vietnam…

• Cuidadosa selección del lugar para las instalaciones
• Protección de los ecosistemas adyacentes
• Evitar conflictos con otros usuarios de los recursos hídricos (p. ej. pescadores)
• Adecuadas densidades de población para garantizar el bienestar animal
• Prohibición del uso de químicos (p. ej. contra el crecimiento de algas en las redes)
• Uso de medicamentos y tratamientos naturales en caso de enfermedades
• Origen orgánico de la materia prima vegetal utilizada como alimento
• Harinas y aceites de pescado para los piensos provenientes de residuos del procesamiento de pescado para consumo humano, con el fin de proteger los recursos marinos (prohibición de la pesca industrial con fines de alimentación animal)
• Prohibición del uso de organismos genéticamente modificados tanto en los ingredientes de los alimentos como en los propios animales
• Procesamiento según normas orgánicas