Die Gläserne Molkerei verarbeitet in ihren zwei Standorten in Münchehofe (Brandenburg) und Dechow (Mecklenburg-Vorpommern) ausschließlich Bio-Milch und stellt daraus Trinkmilch, Butter, naturgereiften Käse und andere hochwertige Milchprodukte her. Die Vermarktung erfolgt über Eigen- und Handelsmarken im Naturkost- und klassischen Lebensmitteleinzelhandel. Die Gläserne Molkerei sucht neue Bio-Milcherzeuger insbesondere im Norden und Osten Deutschlands. Neben der herkömmlichen Bio-Milch werden auch zwei zusätzlich vergütete Sonderprogramme angeboten: Herstellung von Heumilch (silagefreie Fütterung) oder von NOP-Milch (unter anderem konsequent antibiotikafreie Behandlung der Milchkühe).